Op 14 augustus 1996 werd de Amsterdam ArenA officieel geopend door koningin Beatrix(zie foto). Zij trok aan een lint , de doeken gingen voor de tribunes weg en het hele stadion werd zichtbaar. Daarna werd door Frank Rijkaard een fakkel binnengebracht die een week door heel Nederland gedragen was, en die aangestoken is in de Meer, het oude stadion. Het vuur werd overgebracht op een grote fakkel. Daarna wordt er een wedstrijd gespeeld tussen Ajax en AC Milan, die door Ajax met 3-0 verloren wordt. De eerste goal in dit nieuwe stadion wordt gescoord door Dejan Savicevic. De eerste Nederlander die er scoort is John Bosman van FC Twente in een bekerwedstrijd tegen Ajax 2. De eerste scorende Ajacied is Kiki Musampa. De ArenA is een zeer modern voetbalstadion, maar er kan meer gedaan worden dan voetballen, want het is een multifunctioneel bouwwerk. Er kunnen bijvoorbeeld ook popconcerten worden gehouden. Het bijzonderste onderdeel van de ArenA is het dak. Dit dak kan namelijk open en dicht geschoven worden. Dit is het enige stadion in Europa met afsluitbaar dak, alleen in Canada zijn er twee stadions die dat ook hebben. Als het dak dicht is is het stadion niet hermetisch afgesloten, want er zit twee meter ruimte tussen het schuifdak en het gewone dak. Het dak is in 20 minuten te sluiten. Ook bijzonder is de weg die onder het stadion door loopt. Het stadion is voorzien van twee videoschermen waarop doelpunten en andere actie kunnen worden herhaald. Het stadion is 235 meter lang, 180 meter breed en 78 meter hoog. Het dak bestaat uit twee bewegende panelen van 36 bij 105 meter. Er zijn 51.324 zitplaatsen in de ArenA.

Omdat Ajax kampioen is geworden mag Ajax ook dit jaar weer meedoen aan de Champions League. De tegenstanders in de poule zijn: het Franse AJ Auxerre, Grasshopper-Club en de Glasgow Rangers. Uit tegen Auxerre weet Ajax te winnen (1-0), maar de thuiswedstrijd tegen de Grasshoppers gaat verloren(0-1). Deze wedstrijd is een primeur, want het is de eerste Europese wedstrijd die onder gesloten dak gespeeld wordt. Daarna komen twee confrontaties tegen Glasgow Rangers, waarvan thuis met 4-1 en uit met 1-0 gewonnen wordt. In de eigen ArenA wordt vervolgens weer met 2-1 van AJ Auxerre verloren. Vervolgens weet Ajax de kwartfinales toch nog zeker te stellen door middel van een winst van 1-0 uit bij de Grasshoppers. De kwartfinale wordt gespeeld tegen Atlético de Madrid. Thuis wordt het 1-1. De dag na de wedstrijd baart Atlético voorzitter Gesus Gil y Gil opzien door een aantal opmerkelijke uitspraken: "Het lijkt hier de Kongo wel, de zwartjes groeien als paddestoelen uit de grond" en "Hebben ze hier een oliebollenmachine die zwartjes maakt?". Uit protest wil het bestuur van Ajax niet meedoen aan het diner wat bij de wedstrijd in Madrid gehouden zou worden. In de wedstrijd begint Ajax niet goed. Voor de rust staat Ajax met 1-0 achter, maar na de rust scoort R. de Boer gelijk. Na 90 minuten staat deze stand nog steeds op het bord zodat er verlengt moet worden. Ajax neemt in deze verlenging de voorsprong door een fantastische lob over de keeper van Dani, maar door een penalty wordt het weer gelijk. Uiteindelijk kan Ajax het toch afronden door een goal van Babangida: 3-2. In de halve finale is Juventus de tegenstander. In eigen huis wordt Ajax met 2-1 verslagen. In Delle Alpi wordt Ajax afgemaakt met 4-1.

Ook in de competitie loopt het niet zoals het lopen moet, Ajax wordt slechts vierde. Na dit seizoen vertrek Louis van Gaal als trainer. De nieuwe trainer wordt de Deen Morten Olsen.

In het nieuwe seizoen('97-'98) mag Ajax UEFA-cup voetbal spelen. In de eerste ronde tegen het Sloveense Maribor (uit 1-1, thuis 9-1), daarna kwam het Italiaanse Udinese (thuis 1-0, uit 2-1 verloren, maar Ajax door op basis van uitdoelpunten). In de derde ronde was de tegenstander VfL Bochum (Duitsland). Thuis won Ajax met 4-2 en uit werd het 2-2 zodat Ajax weer in de kwartfinale zat. Daarin was Spartak Moskou de tegenstander. Thuis verloor Ajax kansloos met 3-1 en uit verloor Ajax op een slecht veld met 1-0 zodat dit Europese avontuur teneinde was.
In de competitie verging het Ajax beter. Ajax werd met grote voorsprong kampioen, met een eredivisie record doelsaldo van +90(112-22). Ook in de beker verging het Ajax goed, PSV werd in de finale met 5-0 geklopt en Ajax had eindelijk weer eens de dubbel (landstitel en beker).

Het volgende seizoen begint met veel rumoer. De gebroeders De Boer hebben laten weten weg te willen, maar Ajax wil hen niet laten gaan. Zij spannen een rechtszaak aan maar verliezen die. Ze weigeren nog te spelen voor Ajax. Pas na een paar maanden binden ze in na de afspraak met het bestuur dat ze aan het einde van het seizoen weg mogen. In januari vetrekken ze al, naar Barcelona, waar Louis van Gaal trainer is. De prestaties van dit seizoen vielen tegen. Nadat Ajax in de poule van de Champions League was uitgeschakeld viel het doek voor Morten Olsen. Zijn opvolger werd Jan Wouters. In de competitie wilde het ook niet zo lukken. Ajax werd 6e, het slechtste resultaat sinds het seizoen '64'65, toen Ajax 13e werd. Alleen in het toernooi om de KNVB-beker haalde Ajax succes, want Ajax won de beker door in de finale Fortuna Sittard met 2-0 te verslaan. Emotionele momenten waren er in de laatste thuiswedstrijd van Ajax dit seizoen. Er werd afscheid genomen van twee spelers, Danny Blind en Jari Litmanen. Danny Blind stopte, na 13 jaar Ajax en bijna 500 wedstrijden in Ajax-shirt. Publiekslieveling Jari Litmanen, die 124 keer scoorde in 218 wedstrijden, vertrok naar Barcelona. Ook Edwin van der Sar vertrok, na meer dan 300 wedstrijden, naar Juventus.

Ook het seizoen '99'00 bracht niet het verwachte resultaat. Jan Wouters werd daarom ontslagen. Interim-coach Westerhof nam tot het einde van het seizoen de honneurs waar. Ajax wist maar met moeite UEFA-cup voetbal veilig te stellen. De nieuwe trainer wordt Co Adriaanse.